Sau khi Phùng thái hoàng thái hậu quay trở lại nhiếp chính, bà đã trở nên độc đoán hơn trước, song lại anh minh trong giải quyết vấn đề và có cách sống thanh đạm. Bà là người có học thức cao, cũng giỏi về toán học. Tuy nhiên, bà tín nhiệm một vài hoạn quan và cho phép họ can dự vào việc chính sự. Hơn nữa, bà lại thăng chức quá cao cho những người tình của mình là Vương Duệ (王叡) và Lý Xung (李沖). Mặc dù cả hai người này đều là quan có tài, song việc thăng chức cho họ không tương xứng với tài năng và những đóng góp của họ cho quốc gia. Bà cân bằng danh tiếng của mình bằng cách cũng thăng chức cho một số quan không phải là người tình của mình. Do lo ngại rằng mình sẽ bị chỉ trích vì hành vi được cho là vô đạo (có người tình), bà trừng phạt nghiêm những người mà bà nhận thấy đang chỉ trích hoặc có hành vi nhạo báng tư cách đạo đức của bà, bao gồm cả việc xử tử. Một trong các nạn nhân của bà là Lý Hân (李訢) [là một trong những người đã khiến người tình Lý Dịch (李奕) trước đây của bà bị xử tử], bà ra lệnh giết Lý Hân vào năm 477. Lo ngại rằng gia tộc của mẫu thân Hiếu Văn Đế sẽ cố đoạt lấy quyền lực, bà vu cáo ngoại tổ phụ của Hiếu Vũ Đế là Nam quận vương Lý Huệ (李惠) phạm tội phản nghịch vào năm 478 và thảm sát ông cùng với gia tộc. Bà dường như đẩy nhanh chính sách Hán hóa, trong đó bao gồm cả vấn đề phân tầng xã hội, bà ban một chiếu chỉ vào năm 478, trong đó quy định người dân hãy kết hôn theo tầng lớp xã hội của họ.

Năm 479, ở phương nam, sau khi Tiêu Đạo Thành soán Lưu Tống và lập ra triều đại Nam Tề, Bắc Ngụy ủy thác cho Đan Dương vương Lưu Xưởng (劉昶) đi đánh Nam Tề (người này là một thân vương của Lưu Tống song chạy trốn đến Bắc Ngụy vào năm 465, Bắc Ngụy hứa hẹn sẽ ủng hộ Lưu Xưởng tái lập Lưu Tống). Tuy nhiên, Lưu Xưởng không hoàn thành nhiệm vụ, và ông ta không bao giờ có thể thu được nhiều vùng đất ở vùng biên giới để có thể làm bàn đạp tái lập Lưu Tống. Năm 481, chiến dịch kết thúc.

Cũng trong năm 481, hòa thượng Pháp Tú (法秀) cố gắng bắt đầu một cuộc tổng nổi dậy tại Bình Thành, song bị phát giác rồi bị bắt giết. Một số quan lại chủ trương xử tử tất cả các sư tăng Phật giáo, song Phùng thái hoàng thái hậu từ chối. Cũng trong năm đó, bà bắt đầu xây lăng tẩm cho mình tại Phương Sơn (方山), gần Bình Thành. Thái hoàng thái hậu chỉ thị rằng sau khi bà qua đời thì không cần thiết phải chôn bà cùng với Văn Thành Đế [Văn Thành Đế được chôn gần cố đô Thịnh Lạc (盛樂, nay thuộc Hohhot, Nội Mông)]. Sau đó, một bộ luật mới mà Thái hoàng thái hậu ủy thác cho Cao Lư (高閭) viết đã hoàn thành, bộ luật có 832 mục, 16 mục quy định về hình phạt tru di gia tộc, 235 mục quy định về hình phạt xử tử cá nhân, và 377 mục quy định về các hình thức trừng phạt khác.

Thời gian trôi qua, Hiếu Văn Đế trưởng thành hơn, ông từng bước nắm giữ được nhiều quyền lực hơn. Một khoảng thời gian nào đó trong quá trình chuyển giao này, Thái hoàng thái hậu đã trở nên lo sợ về khả năng của ông và do đó đã giam giữ Hiếu Văn Đế và tính đến việc phế truất ông rồi đưa hoàng đệ là Thác Bạt Hi (拓拔禧) lên thay, song sau khi được các thân cận thuyết phục, Thái hoàng thái hậu không thực hiện việc này. Mặc dù Phùng thái hoàng thái hậu chưa từng chính thức trao trả lại quyền lực cho ông, song đến khoảng năm 483 thì ông đã hoàn toàn thật sự kiểm soát triều chính, còn Thái hoàng thái hậu vẫn tiếp tục giữ lại quyền lực đáng kể. Theo lệnh của bà vào năm đó, sau khi Lâm quý nhân sinh hạ người con trai đầu lòng cho Hiếu Văn Đế, tức Thác Bạt Tuân, quý nhân đã bị buộc phải tự vẫn theo phong tục của hoàng tộc Bắc Ngụy. Thái hoàng thái hậu nuôi dưỡng Thác Bạt Tuân. Năm 485, sau khi Hiếu Văn Đế phong vương cho các hoàng đệ, Thái hoàng thái hậu lập học đường để giảng dạy cho các thân vương này. Năm 486, có lẽ là một dấu hiệu của quá trình Hán hóa và để biểu dương quyền lực, Hiếu Văn Đế bắt đầu mặc Hán phục dành cho hoàng đế, bao gồm một long bào. Do Hiếu Văn Đế được Phùng Thái hoàng thái hậu nuôi dưỡng, ông cũng trở nên rất gần gũi với gia đình một người anh của bà là Phùng Hi (馮熙). Trong một thời gian ngắn, ông đã lấy hai con gái của Phùng Hi làm phi tần, song một trong hai người đã sớm qua đời vì bệnh tật, và người còn lại, quý nhân Phùng Nhuận, cũng bị bệnh nặng và đã được đưa trở lại nhà phụ thân, tại đây bà đã trở thành một ni cô.

Việc chia sẻ quyền lực giữa Thái hoàng thái hậu và Hoàng đế có thể thấy được trong một sự cố vào năm 489, khi đó các hoàng đệ của Văn Thành Đế là Nhữ Âm Linh vương Thác Bạt Thiên Tứ (拓拔天賜) và Nam An Huệ vương Thác Bạt Trinh (拓拔楨) bị cáo buộc phạm tội tham nhũng, một tội sẽ bị xử tử. Phùng thái hoàng thái hậu và Hiếu Văn Đế cùng triệu tập một hội nghị để thảo luận về sự trừng phạt dành cho họ. Thái hoàng thái hậu mở đầu với câu hỏi dành cho các đại thần, "Các ngươi có cho rằng chúng ta nên chú ý đến các mối quan hệ gia đình và phá tan luật pháp, hay bỏ các qua mối quan hệ gia đình và làm theo luật pháp?" Các đại thần phần lớn đều xin tha mạng cho hai vị thân vương. Sau khi Phùng Thái hoàng thái hậu im lặng, Hiếu Văn Đế nói rằng: "Những gì hai vị thân vương phạm phải là không thể tha thứ, song Thái hoàng thái hậu xét theo tình huynh đệ của Cao Tông miếu hiệu của Văn Thành Đế]. Hơn nữa, Nam An vương là người con hiếu thảo với mẫu thân của mình. Do đó, hai người sẽ được tha tội chết, song họ sẽ bị tước bỏ quan tước, bị giáng xuống làm thường dân."

Năm 490, Phùng thái hoàng thái hậu qua đời, bà được chôn cất với vinh dự cao quý. Hiếu Văn Đế đau buồn đến mức ông đã không thể ăn uống trong suốt năm ngày, và sau đó tiến hành ba năm để tang bà, bất chấp thỉnh cầu của các đại thần rằng ông nên rút ngắn thời gian để tang để phù hợp với các quy tắc mà Hán Văn Đế đặt ra khi xưa.